За разлику од држања Свете Столице приликом распада СФРЈ у односу на Словенију и Хрватску, чију је самосталност подстицала и помагала, као и њеног нешто уздржанијег става према БиХ, њен однос према једностраном признању независности КиМ је знатно сложенији и мора се сагледавати у више, а најмање у две равни: као званични став и држање Ватикана, с једне, и као понашање локалних представника Римокатоличке цркве на терену, с друге стране. Обе равни су подједнако стварне, свака на свој начин.
Због тога је више пута дошло до варничења унутар римокатоличких редова. То се, на пример, могло препознати у начину на који је, у тексту под насловом „Католици на Косову нису угрожени“ објављеном 22. јануара 2004. у листу Данас, уредник часописа Dardania Sacra др Енђељ Седај реаговао на божићни интервју београдског надбискупа Станислава Хочевара, дат истом београдском дневнику. Седај у интервјуу изричито тврди да Апостолска администратура у Призрену „нема никакве везе са Београдском надбискупијом него се управо осамостаљује у односу на Скопље“.
Хочевар интерпретира ставове Свете столице и долазио је преко средстава јавног информисања у велике сукобе са локалним римокатоличким клиром.
Није јасно да ли је Ватикан дволичан или постоји стварни раскорак између Свете столице и локалне Римокатоличке цркве. Највећи део РК клира на КиМ одступа од званичне политике. То је понекад врло драстична разлика.
Призренски бискуп, иако званично члан Бискупске конференције Свети Кирило и Методије која обухвата Србију и Црну Гору, не присуствује састанцима јер не жели да прихвати назив конференције, па фактички делује као самостални римокатолички поглавар једне „фантомске државе“. Будући да овакви ставови римокатоличке јерархије на КиМ нису непознати ни београдском надбискупу Хочевару, ни папском нунцију у Београду, а сигурно ни Риму, тешко је поверовати да не постоји бар прећутна подршка екстремном понашању косовског бискупа и његовог заменика.
На делу је изразити етнофилетизам (клеронационализам) свештенства Римокатоличке цркве у косметских Албанаца.
Ватикан није признао независност Косова, али стално држи један отворен канал за признавање. Ту чињеницу наговештавају, између осталог, планови за подизање Апостолске администратуре у Призрену на ниво бискупије. Још 2000. године на списку земаља учесница у римокатоличкој манифестацији „Светски дан младих“, која се традиционално одржава у Риму, међу 160 земаља нашле су се Србија и Косово.
Ватикански званичници су уверавали да признавање једнострано проглашене независности КиМ неће бити озбиљније узимано у обзир све до окончања поступка пред МСП у Хагу о легалности ЈПН.
Света столица у погледу КиМ има прагматичан став и ослушкује вољу већине у међународној заједници. У својој спољној политици подржава политику УН и ЕУ уз напомену да буду поштована верска права свих (нарочито на КиМ) и нема интереса да ту било шта мења.
Интерес Свете столице на Косову је двојак:
– брига за локалну римокатоличку заједницу која је албанска и
– ширење утицаја РКЦ свуда где је то могуће (па и на КиМ) и свим средствима.
Од скора Света столица је почела да уважава трећи чинилац – сучељавање хришћанства са исламом. Схватили су да је хришћанство у целини угрожено на КиМ.
Најважнији разлог за опрезнији став Ватикана према питању ЈПН Косова је екуменски дијалог са православнима који одлично напредује. На састанцима Међународне мешовите комисије за богословски дијалог између Римокатоличке и Православне цркве у Београду 2006. и Равени 2007. године главна тема разговора био је тзв. папски примат. РКЦ је издала званично саопштење у коме је нагласила да се „у документу потписаном у Равени утврђује како је папа први међу патријарсима, а Рим је прво седиште“, да су „те две тачке биле међу главнима које су довеле до расцепа између католика и православаца 1054. године, а сада би могле бити темељ поновног уједињења“. Међутим, упућенији у унутар-црквена питања тврде да у СПЦ постоји веома јак отпор екуменском процесу који се, захваљујући историјском искуству српског народа са Ватиканом, тумачи као наставак прозелитског деловања РКЦ у циљу успостављања уније са православнима, што би могло довести до раскола унутар СПЦ.
Међуцрквене релације чине суштину односа сваке, па и наше државе с Ватиканом.
Експерти сматрају да РКЦ жели да успостави добре односе са СПЦ како би наша Црква посредовала у приближавању ставова са Москвом. Косово је у том контексту Ватикану много мање важно јер према њему води двоструку политику.
Римокатолици су изразито мањинска верска заједница на Косову. Према РКЦ подацима, има их 60 000 и добро су етаблирани. Ватикан испољава наглашену бригу за своје вернике, а у случају Албанаца види их као упориште свог утицаја и мисонарског деловања у региону, без обзира на то што их укупно нема више од десет, а на Космету око два процента.
Данас већина римокатолика на Косову живи у Клини, Ђаковици, Призрену, Витини и Приштини, где су окупљени око две главне странке, Демохришћанске партије Албаније и Демохришћанске партије Косова, али их има и у другим странкама. Бивши председник „Скупштине Косова“ Кољ Бериша, припадник Демократског савеза Косова, је албански римокатолик који је достигао највиши политички положај у тзв. НДК. Неколико пута је био у посети Ватикану. Те посете су од стране Државног секретаријата окарактерисане као незваничне.
Актуелни РК бискуп у Призрену Доде Ђерђи је изјављивао за медије да је Ватикан веома утицајан на Косову, не само међу католицима.
Кардинал Валтер Каспер, председник Понтификалног савета за промоцију уједињења хришћана, изјавио је да Ватикан неће у блиској будућности признати независност Косова и да схвата забринутост Српске и Руске православне цркве по питању косовског проблема. Каспер је подсетио на врло уздржан приступ Ватикана у последњих неколико година по питању статуса Косова, инстистирајући на ставу РКЦ да све етничке заједнице имају право на своју аутономну егзистенцију, посебно у областима социјалних, културних и религиозних права, било да се ради о косовским Албанцима или косовским Србима. Кардинал Каспер је истовремено и копредседавајући Мешовите римокатоличко-православне комисије за богословски дијалог.
Загонетна спорадична појава: званична политика Ватикана је да је против рушења и насиља и залаже се за дијалог са православном браћом. Апостолски нунције у Београду Еуђенио Збарбаро је својевремено писао призренском бискупу Сопију и захтевао од њега дијалог са православном хришћанском браћом. С друге стране, Сопи је за публикацију Guerre etniche: una fatalita? Un esempio – IL KOSOVO (Етнички ратови, фаталност? Један пример – Косово) Enzo dalla Pellegrina, у издању Каритаса из Винћенце (2001), изнео читав низ лажи којима се не само негира вишевековно присуство СПЦ на овим просторима, него се de facto оправдава послератно систематско рушење православних храмова, које бискуп Сопи назива „политичким“. Сопи је тврдио да су „цркве које видимо на картама Косова постојале и пре доласка Срба“. У том смислу треба тумачити и залагање за заштиту вредног „хришћанског уметничког и културног наслеђа“ у званичном саопштењу издатом одмах после 17. фебруара 2008.
Постоји јака струја у Ватикану која заговара ту тезу. Шан Зефи – врло опасан човек, докторирао у Риму о љараманству (љарамани, алб. = криптомуслимани). Његова дисертација је објављена у Загребу, на хрватском. Др Зефи, иначе заменик (канцелар) призренског бискупа, састао се у октобру 2003. године са представницима радикалне албанске политичке организације Национално-ослободилачки покрет Косова (LKCK) која се залаже за обједињавање свих тзв. албанских земаља на Балкану. Према писању приштинског дневника Zeri, Зефи је том приликом изјавио да је „СПЦ подизала своје храмове на рушевинама албанских цркава, чиме су духовне вредности замењиване политичким“.
Недавно је у ватиканском гласилу објављен прилог о активности РКЦ на терену, у правцу „конверзије косовара њиховим католичким коренима“
Иначе, вреди подсетити се и ситуације са покојним Ибрахимом Руговом. Промоција католицизма међу Албанцима на КиМ преко њега и заједнице Свети Еђидио је доживела крах. Медији су извештавали да је променио веру и прешао у римокатолицизам, али о томе нема чврстих доказа. На његову сахрану нису послали представника Државног секретаријата (бившег апостолског нунција Челата) јер би то био политички чин (МСП), него некога из Папског већа за међурелигијски дијалог, чији је председник кардинал Пол Пупар.
На КиМ делују следеће римокатоличке НВО:
– Свети Еђидио
– Фоколари
– Опус Деи
– Каритас
– ICMC (International Catholic Migration Comission), организација која је отпочела свој рад девет дана по уласку НАТО снага на Косово.
Један од оснивача заједнице Свети Еђидио, монсињор Винћенцо Паља, који је и издејствовао 1996. године с Милошевићем споразум о предаји школа на КиМ Албанцима, био је врло конструктиван. Постоје индиције да је био и духовник Ибрахима Ругове. Имао је добре односе са бившим премијером Косова Бајрамом Реџепијем, али је касније изгубио све везе на терену јер су се крајем 1998. и почетком 1999. године Албанци изненада потпуно окренули САД, увидевши да ће им они једини ефикасно помоћи да остваре своје сепаратистичке циљеве.
Каритас је организација за коју постоје недвосмислени докази да је током ратова деведесетих година у бившој Југославији, под маском дистрибуције хуманитарне помоћи, достављала наоружање и муницију за борбу против српских снага.
Остао је забележен својеврстан дипломатски шамар који је бивши амерички председник Буш приредио Италији приликом своје званичне посете Риму, јуна 2007. године. Буш је, у просторијама Амбасаде САД у Риму, на истом нивоу примио шефа италијанске Владе и представника НВО Свети Еђидио и захтевао де се побољша сарадња са том организацијом.
До краја 2006. године, анализе Ватикана су говориле да ће и Руси на крају обавити „трговину“ Косовом и да ће на Србију бити извршен притисак да призна ЈПН. Представници РКЦ су стално инсистирали на испуњавању стандарда.
Својевремена иступања представника Свете столице пред ОУН имала су за циљ давање званичне подршке распоређивању мисије ЕУЛЕКС на КиМ.
МСП Косова Скендер Хисени, током боравка у седишту ОУН-а 12. новембра 2008. године, састао се са надбискупом Целестином Миљиореом, апостолским нунцијем, сталним представником Ватикана у УН. Хисени је захтевао од Миљиореа да Света столица у најкраће време донесе одлуку о признању Косова. Апостолски нунције је одговорио да ће Ватикан са великом озбиљношћу размотрити ово питање и нагласио да Света столица изванредно много цени међуверску толеранцију на КиМ.
Приликом своје недавне посете Ватикану такозвани председник Косова Хашим Тачи је од Папе Франциска затражио званично признање ЈПН Косова. Стручњаци сматрају да је сада вероватноћа да Ватикан промени свој став према овом питању већа него раније. Вест о најави унутрашњег дијалога у Србији о Косову, који води ка некој врсти постизања консензуса о признању Косова се проширила у свету. У светлу тога, у Ватикану врло пажљиво ослушкују шта се дешава, па са те стране гледано, они не би хтели да заостану, ако Србија призна Косово.
Досад Тачија нису примали у приватну посету. Иако је долазио у Ватикан, стално је био на маргинама, а овога пута га је примио и папа и човек који је неформални председник ватиканске владе, што је само по себи довољно индикативно. Евентуално признање ЈПН Косова од стране Ватикана и те како би утицало на остале државе, посебно латиноамеричке, у којима је Ватикан један од битних фактора у формирању њихове политике, да преиспитају свој став о овом питању.
С друге, пак, стране у овом моменту, Ватикан види да је признање Косова контрапродуктивно јер не зна како ће се борбе на Косову и Метохији код Албанаца одвијати и да ли ће победити исламска фракција. Такође, Ватикан не би могао да пред међународном јавношћу оправда то што, у време док се на Блиском истоку воде борбе за очување хришћанске цивилизације, прихвата једну квазидржаву насталу на темељу уништавања хришћанске баштине. И најзад, што је најважније, у Ватикану се боје да би признањем Косова пореметили, или чак довели у питање, дуго и брижљиво припреману папину посету Москви.